روغن ماهی به دلیل داشتن اسیدهای چرب امگا ۳، یکی از رایج‌ترین مکمل‌هاست که فوایدی چون بهبود سلامت قلب، کاهش التهاب و حمایت از سیستم ایمنی دارد.
همچنین ادعا شده که این مکمل باعث تعادل میکروبیوم و افزایش سلامت روده می‌شود.
برخی مطالعات روی انسان و حیوانات نشان می‌دهند که روغن ماهی می‌تواند ترکیب میکروبیوم روده (مجموعه‌ای از باکتری‌ها، قارچ‌ها و میکروب‌های گوارشی) را به‌طور مفید تغییر دهد، اما تحقیقات کافی در مورد اثرات آن بر انسان‌ها هنوز موجود نیست.
با توجه به نقش میکروبیوم در مسائل بهداشتی، دانشمندان کنترل جمعیت میکروبی آن را کلیدی برای درمان برخی بیماری‌ها می‌دانند.
