عطاءالله مهاجرانی، وزیر فرهنگ دولت اصلاحات، در توئیتی به یادداشت تفاهم جلیلی واکنش نشان داد.
او پس از مطالعه رساله دکتری سعید جلیلی که در دانشگاه امام صادق (ع) تحت راهنمایی آقای علم‌الهدی نوشته و تصویب شده، آن را یک «سوءتفاهم» نامید و آن را با رساله دکتری شهید علی لاریجانی با عنوان «بنیاد اندیشه سیاسی در اسلام است» (تصویب شده در سال ۱۳۸۰) مقایسه کرد.
مهاجرانی اشاره کرد که هرچند آقای علم‌الهدی با اشاره به دفعات ختم قرآن توسط جلیلی از این رساله تعریف کرده، اما محتوای آن همان چیزی است که جلیلی سال‌ها در سخنرانی‌هایش مطرح کرده است.
