روزنامه جوان در مطلبی درباره فرزند شهید امام راحل نوشت؛
آغازین روز از آبان هر سال، تداعی‌گر خاطره شهادت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی، فرزند نامور و مجاهد امام‌خمینی است. خوانش این رویداد، به واقع روایتی از برخاستن موج اصلی انقلاب اسلامی قلمداد می‌شود.
زنده‌یاد حجت‌الاسلام والمسلمین سیدعلی‌اکبر محتشمی‌پور در باب گفت‌وگوی شهید آیت‌الله سیدمصطفی خمینی با کسانی که مدعی بودند برای ترور ایشان به عراق آمده‌اند، روایتی شنیدنی دارد. وی درباره این دیدار و تحلیل فرزند امام از آن آورده است:
«چند ماه قبل از شهادت حاج آقا مصطفی، ایشان شبی به عیادت آیت‌الله سیدنعمت‌الله جزایری از معمرین نجف می‌رود. حاج آقا مصطفی به این عالم عارف و بزرگ علاقه خاصی داشت و از نزدیکان ایشان به شمار می‌رفت. پسر آقای جزایری می‌آید و به حاج آقا مصطفی می‌گوید دو نفر آمده‌اند و می‌گویند با شما کار دارند! حاج آقا مصطفی می‌رود و با یک مرد مسن و یک جوان روبه‌رو می‌شود. آن‌ها می‌گویند ما عضو تیمی هستیم که برای ترور شما از ایران به عراق آمده‌ایم، ولی وقتی به اینجا آمدیم و زندگی شما و پدرتان و مراتب ارادت شما را به حضرت امیر (ع) دیدیم، بر خود لرزیدیم و تصمیم گرفتیم شما را از این نقشه شوم آگاه کنیم. ما دو نفر از این تصمیم پشیمان شده‌ایم، ولی از بابت دیگر اعضای گروه نگرانیم. حالا هم آمده‌ایم به شما بگوییم که مراقب خودتان باشید... حاج‌آقا مصطفی اعتقاد داشت تصور نمی‌کنم این خبر درست باشد، به نظرم این‌ها آمده‌اند که در ما ایجاد رعب و وحشت کنند تا من و امام دست از مبارزه برداریم و ملاقات با کسانی را که از ایران یا خارج می‌آیند، قطع یا دست‌کم کمتر کنیم. این‌ها قصد دارند ما را نسبت به هر تحرک و هر فردی مردد کنند تا خودبه‌خود در مبارزه وقفه ایجاد شود، نباید اعتنا کرد! به نظر من یکی از بزرگ‌ترین رویدادها در تسریع زمینه‌های پیروزی انقلاب اسلامی، شهادت حاج آقا مصطفی بود. مدتی بود که شور و شوق انقلابی در ایران فروکش کرده بود. این شهادت، ناگهان آتش زیر خاکستر را شعله‌ور کرد و از آن پس، انقلاب شتاب گرفت تا به پیروزی منتهی شد. همان گفته امام که شهادت مصطفی از الطاف خفیه الهی بود، در تمام حرکت‌های انقلابی آن مقطع مصداق عینی پیدا کرد. برگزاری مراسم ترحیم ایشان و چهلم‌های بعدی در شهادت شهدای تبریز، یزد و سایر شهرها پیوستگی بارزی را در میان توده‌های مردمی ایجاد کرد و با رهبری هوشمندانه حضرت امام خمینی، این حرکت‌ها به پیروزی رسیدند....»
جنازه را ۲۴ ساعت نگه دارید و بعد دفن کنید
زنده‌یاد حجت‌الاسلام والمسلمین سیدمحمود دعایی، نخستین کسی بود که از طریق خادمه منزل آیت‌الله سیدمصطفی خمینی از شهادت ایشان مطلع گشت و موضوع را به شکلی محرمانه، به اطلاع حجت‌الاسلام والمسلمین حاج‌سیداحمد خمینی رساند. وی خاطرات خویش را در این فقره اینگونه به تاریخ سپرده است:
«منزل ما، در همسایگی منزل مرحوم حاج آقا مصطفی بود و رابطه بسیار نزدیکی با هم داشتیم. آن روز خدمتکار ایشان سراسیمه آمد و از من خواست که سریعاً خودم را به منزل حاج آقا مصطفی برسانم و گفت حال ایشان خوب نیست! من به‌سرعت خودم را بالای سر ایشان رساندم و بعد یک نفر را مأمور کردم که با عجله به منزل امام برود و به حاج آقا احمد بگوید خودش را به آنجا برساند و با هیچ کس دیگری هم حرف نزند! احمد آقا آمد و به اتفاق حاج‌آقا مصطفی را به بیمارستان بردیم. در آنجا فوت قطعی ایشان را اعلام کردند و گفتند برای فهمیدن علت فوت، باید کالبدشکافی انجام شود. احمدآقا سریع به منزل برگشت تا از طریق افراد مورد اعتماد و احترام امام که در بیت حضور داشتند این خبر را به ایشان برساند. امام از رفتن غیرمترقبه احمدآقا به منزل برادرش حدس زده بودند که باید اتفاق ناگواری رخ داده باشد! بنابراین دو بار احمد آقا را که در طبقه بالای منزل بود، صدا می‌زنند و ایشان جواب نمی‌دهد! بار سوم فریاد می‌زنند و احمدآقا دیگر نمی‌تواند تحمل کند و اشکش جاری می‌شود! به اطلاع امام می‌رسد که حاج آقا مصطفی از دنیا رفته‌اند و برای کشف علت، باید جنازه‌اش کالبدشکافی شود که امام اجازه این کار را نمی‌دهند و می‌گویند جنازه را ۲۴ ساعت نگه دارید و بعد دفن کنید!....»
امید داشتم مصطفی به درد اسلام بخورد
زنده‌یاد حجت‌الاسلام والمسلمین سیدرضا برقعی مدرس نیز از مصاحبان شهید آیت‌الله سید مصطفی خمینی در نجف به شمار می‌رود. او درباره نحوه اطلاع امام‌خمینی از این رویداد تلخ، شاهد صحنه‌های پی آمده بوده است:
«ما چند روزی بود که صاحب فرزند شده بودیم و خداوند پسرم (علی) را به ما عطا کرده بود و مادر همسرم برای کمک به خانه ما آمده بودند. صبح برای خرید شیر به مغازه‌ای در نزدیکی منزل حاج‌آقا مصطفی رفتم که شیرفروش به من خبر داد حاج‌آقا مصطفی را به بیمارستان برده‌اند! سریع به خانه رفتم و به مادر خانمم گفتم راه بیفتند که با هم به منزل حاج‌آقا مصطفی برویم و ببینیم ماجرا از چه قرار است. رفتیم و ایشان وارد خانه شد و ماجرا را از خادمه پرسید. او هم گفت حال حاج‌آقا مصطفی در نیمه‌های شب به هم می‌خورد، ولی کسی متوجه نمی‌شود. صبح که متوجه می‌شوند، دنبال آقای دعایی می‌فرستند. ایشان هم بعد از تلاش‌های فراوانی که می‌کند تا پزشکی را بالای سر حاج‌آقا مصطفی بیاورد یا آمبولانسی را خبر کند موفق نمی‌شود، سرانجام ایشان را با یک تاکسی به بیمارستان می‌برد. من از منزل حاج‌آقا مصطفی، مستقیم به بیت امام رفتم که ببینم آن‌ها خبری دارند یا نه؟ رحل قرآن در مقابل امام باز و از ظاهر و چشمانشان معلوم بود که گریه کرده‌اند و نگران هستند. همین که چشمشان به من افتاد، فرمودند: زود به بیمارستان بروید و از مصطفی برایم خبر بیاورید، احمد از صبح رفته و هنوز نیامده است! سریع خودم را به بیمارستان رساندم. چهار پنج نفری از جمله آقای رضوانی آنجا بودند که گفتند آقای دعایی دارد به کارها رسیدگی می‌کند. ایشان همین که چشمش به من افتاد، زد زیر گریه و مرا به اتاقی برد که جنازه را در آنجا گذاشته بودند تا پس از طی تشریفات قانونی به خانواده تحویل بدهند. پیشانی حاج‌آقا مصطفی کبود و لب‌هایش سیاه شده بود! به بیت امام برگشتم و دیدم احمدآقا و چند نفر دیگر در بیرون هستند و نمی‌دانند چه کسی باید این خبر را به امام بدهد! قرار شد مرحوم آیت‌الله خویی این کار را بکند، ولی ایشان گفت من در عمرم یک بار خبر مرگ کسی را داده و از آن پس با خود عهد کرده‌ام که دیگر هرگز این کار را نکنم! قرار شد یکی‌یکی به اتاق برویم و زمینه را برای دادن خبر فوت آقا مصطفی آماده کنیم. همین که حاج احمدآقا وارد اتاق شد، امام فرمودند: پس چرا معطلید؟ چرا نمی‌گویید چه خبر شده است تا تکلیفم را بدانم!... با این حرف حاج احمدآقا زد زیر گریه و امام موضوع را فهمیدند و فرمودند: لا حول و لا قوه الا بالله، امید داشتم مصطفی به درد اسلام بخورد....»
۲۷۲۱۹