انتخاب نوشت: کوروش احمدی، دیپلمات سابق ایران در سازمان ملل گفت: رئیس شورا رئیس جمهور است. البته، چون رئیس جمهور نقشی در تعیین اکثر اعضای شورا ندارد، طبعا اختیارات ایشان به عنوان رئیس شورا و حرف شنوی از ایشان محدود است. به همین دلیل دبیر شورا اگر چه از طرف رئیس جمهور تعیین می‌شود، اما رابطه سازمانی به گونه‌ای است که این دبیر می‌تواند حرف شنوی خیلی زیادی از رئیس جمهور نداشته باشد.
وی درباره کنار رفتن شمخانی از دبیری شورای عالی امنیت ملی و تاثیر این اتفاق بر پرونده برجام افزود: من فکر نمی‌کنم کنار رفتن ایشان تاثیری عمده‌ای در کار برجام داشته باشد.
او افزود: در آن دوره در رسانه‌ها مطرح بود که گویا آقای شمخانی بدون اطلاع دولت و رئیس شورای امنیت ملی که رئیس‌جمهور بود، مذاکراتی با مجلس و شورای نگهبان داشته یا شاید نامه‌ای دال بر موافقت شورای عالی امنیت ملی به شورای نگهبان نوشته باشد که تصویب آن قانون توسط مجلس و تایید سریع آن توسط شورای نگهبان را ممکن کرد. این امر از آن جهت اهمیت داشت که اقدامات مرتبط با برجام توسط نهاد‌های دیگر مسلتزم جلب موافقت دولت بود و دولت باید با اقدام مجلس موافقت می‌کرد تا شورا نگهبان آن را تصویب کند. در آن زمان صحبت از این بود که با وجود اینکه روحانی رئیس شورای عالی امنیت ملی بود، اما دبیر شورا نظر موافق شوراعالی امنیت ملی را با آن مصوبه اعلام کرده بود. اگر این اخبار درست باشد به این معنی است که آقای شمخانی در آن مقطع کمتر با دولت و بیشتر با مجلس که موضع تندی در مورد برجام داشت همسو بود.