مسئول روابط عمومی شهرداری تهران در روزنامه همشهری ادعاهایی را در باره عباس آخوندی مطرح کرد.
او نوشت:
صبح شنبه سوم خرداد ۱۳۷۶، دفتر رهبر انقلاب. خبر رسیده بود که مردم روز قبل آقای خاتمی را به ریاست جمهوری انتخاب کرده‌اند. جناح راست آن روزها که به لحاظ تاریخی و سیاسی خود را به آیت‌الله خامنه‌ای نزدیک‌تر می‌دانست در انتخابات از آقای ناطق نوری حمایت کرده بود. یک شکست سخت ۲۰ بر ۷ آن هم برای کاندیدایی که تا یک‌ماه قبل از نظر نخبگان سیاسی و حکومتی قطعا رئیس دولت بعدی بود و حتی کابینه خود را انتخاب کرده بود.
عباس آخوندی، باجناق این کاندیدای شکست خورده که از قضا وزیر مسکن هاشمی رفسنجانی یعنی دولت وقت بود خود را به بیت رهبری رساند و پیشنهاد ابطال انتخابات و مردود دانستن رای ۲۰ میلیونی مردم را مطرح کرد. پاسخ منفی آیت‌الله خامنه‌ای به او آن‌قدر تند و با عتاب بود که بعدها خود ایشان گفت آقای آخوندی از همان موقع دلش با ما صاف نشد.
دنبال انشار این نوشته عباس آخوندی جوابیه ای منتشر کرد.
او نوشت:
نویسنده ضمن یک دروغ و افترای آشکار می‌گوید: «عباس آخوندی، باجناق این کاندیدای شکست خورده که از قضا وزیر مسکن هاشمی رفسنجانی یعنی دولت وقت بود خود را به بیت رهبری رساند و پیشنهاد ابطال انتخابات و مردود دانستن رای ۲۰ میلیونی مردم را مطرح کرد. پاسخ منفی آیت‌الله خامنه‌ای به او آن‌قدر تند و با عتاب بود که بعدها خود ایشان گفت آقای آخوندی از همان موقع دلش با ما صاف نشد». نامبرده یک دروغ را به اینجانب نسبت می‌دهد و دروغ دیگر را به رهبری.
دروغ نخست این‌که من به بیت رهبری رفته‌ام و پیشنهاد ابطال انتخابات را داده‌ام. موضوعی که از اساس جعل است. نه من به بیت رهبری رفتم و نه هیچ پیشنهادی به ایشان دادم. آن‌چه من کردم تایید انتخابات و تدوین پیش‌نویس متن تبریک جناب آقای ناطق نوری به جناب آقای خاتمی بود که پیش از اعلام نتیجه انتخابات در روز 3 خرداد 1376 انتشار یافت و همگان از متن آن آگاهی دارند. و این از افتخارهای انتخابات در جمهوری اسلامی ایران، آقای ناطق نورری و اینجانب است.
دروغ دوم در مورد پاسخ منفی، تند و با عتاب آیت‌الله خامنه‌ای به اینجانب است و انتساب این جمله به ایشان که «آقای آخوندی از همان موقع دلش با ما صاف نشد». و این‌که «این خاطره و آن دلخوری را رهبری کجا تعریف کرد؟ روز دوشنبه ۲۵خرداد سال ۸۸ در جلسه با نمایندگان کاندیداهای انتخابات ریاست‌جمهوری همان سال». وقتی رفتنی به بیت رهبری و پیشنهادی در میان نبوده، بنابراین، پاسخی و عتابی هم در میان نبوده‌است. این دروغی آشکار است. از آنجا که دروغ‌گو کم حافظه می‌شود، وی دروغ خود را به صحبت‌های رهبری در جلسه با نمایندگان کاندیداهای انتخابات ریاست جمهوری همان سال در 25 خرداد مستند می‌کند. نخست آنکه جلسه 25 خرداد نبود، 26 خرداد بود. و دوم آنکه مطالبی که رهبری، و دیگر افراد از جمله من در باره انتخابات 1388 گفتیم، در کتابی به نام «فتنه تغلب» انتشار یافته است.
در بتدای آن جلسه بنا بر متن این کتاب رهبری گفتند که «ترتیب این جلسه را من این جوری فکر کردم که هرکدام از مجموعه‌هایی که در اینجا جمع شده‌اید- چه مجموعه‌های مربوط به دستگاه‌های رسمی کشور مثل وزارت کشور و شورای محترم نگهبان، و چه مجموعه‌های مربوط به ستادهای نامزدهای مختلفی که در مسئله این انتخابات فعال بوده‌اید - از هرکدام از این مجموعه‌های چندگانه یک نفر حرف دلش و آن چیزی را که در اعماق روحش هست، همان را در دقایق کوتاهی بر زبان بیاورد. هیچ تقیه و ملاحظه‌ای هم نکنید؛ نه از من و نه از دیگر مجموعه‌هایی که اینجا هستند».
در ادامه پس از این‌که نمایندگان ستادها سخنان‌شان را ایراد می‌کنند، «رهبر انقلاب، ختم رسمی جلسه را اعلام می‌کنند؛ اما می‌گویند: «من با دوستان اگر خواستند، می‌نشینم و صحبت می‌کنم.» دوربین‌های تلویزیون به خواست رهبری از اتاق خارج می‌شود...» (ص:23). بنابراین، آن‌چه از این جلسه با جزئیات فراوان انتشار یافته‌است، قاعدتا از سوی دفتر ایشان بوده‌است. چون کسی دیگری به آن‌ها دسترسی نداشته و پس از انتشار هم نیز موضوع تکذیب نشده‌است. و از قضا تلویزیون بارها بریده‌هایی از صحبت‌های مرا در این جلسه به‌صورت گزینشی انتشار داد که با هدف قلب ماهیت بود که فعلا به آن نمی‌پردازم. به‌هرروی، اگر رهبری مطلب ادعایی نویسنده در باره‌ی من را در این جلسه گفته‌اند، قاعدتا باید در این کتاب یافت شود. نویسنده موظف است که آدرس آن را در این کتاب و یا هرجای دیگر دقیقا بگوید. خوشبختانه این کتاب در دسترس همگان هست.
و اما مطلبی که من در باره انتخابات 1376 و 1388 در این جلسه گفتم و پاسخ رهبری به صحبت‌های من در این کتاب عینا موجود است. و نشان می‌دهد که مطالبی که ایشان به من و رهبری نسبت داده‌است کاملا دروغ است.