شهریور ۹۹ علی علیپور یکی از بهترین گلزنان تاریخ باشگاه و بعد از کسب ۵ عنوان قهرمانی متوالی در لیگ و دو آقای گلی با لباس سرخ‌ها از این تیم جدا شد. در همان زمان شایعاتی در مورد دلایل جدایی آقای گل پرسپولیس از این تیم به گوش رسید. برخی گفتند که اختلافات مالی باعث بروز این جدایی شده و برخی دیگر گفتند مهاجم جوان سرخ‌ها می‌خواهد شانسش را در فوتبال اروپا دنبال کند.
در تابستان سال ۱۴۰۱ خبر رسید که علیپور از باشگاه پرسپولیس بابت دریافت مطالباتش شکایت کرده است و بعد از گذشت یک پروسه چند ماهه و بررسی پرونده در کمیته تعیین وضعیت و سپس استیناف در دی ماه اعلام شد رای به سود مهاجم سابق پرسپولیس صادر شده است. این خبر همزمان با احتمال حضور علیپور در ایران به جای لوکادیا مطرح شد. این در حالی بود که برخی رسانه‌ها گزارش‌های مبنی بر دیدار مقامات پرسپولیس با وکیل علیپور و احتمال توافق یا عدم توافق را منتشر می‌کردند.
روز شنبه رسول باختر وکیل علی علیپور با انتشار یک توییت در صفحه شخصی‌اش از ابلاغ رای کمیته استیناف در پرونده علی علیپور خبر داد. باختر نوشت: «بارها به خواست موکل از باشگاه خواستم تا بدون شکایت مبلغ را پرداخت کنند اما هر بار به نحوی اجتناب کردند. پس از صدور رای نخست، باز هم برای مصالحه پیشقدم شدیم، اما پیشنهاد کسر مبلغ حکم و پرداخت اقساطی را نپذیرفتند.» باختر همچنین تاکید کرد مطالبی که به نقل از وکیل علیپور در رسانه‌ها با موضوع این پرونده یا جلسه با مقامات باشگاه منتشر شده هیچ کدام صحت ندارد.
رسول باختر به دلیل آنچه رعایت رفتار حرفه‌ای نامید از انجام گفت‌وگو در این زمینه و توضیح در مورد پرونده خودداری کرد.
آن‌طور که مشخص شده در شهریور ۹۹ قرار بود علی علیپور قراردادش را با باشگاه پرسپولیس تمدید کند یا تصمیم دیگری بگیرد. یکی از بحث‌هایی که در جلسات تمدید قرارداد مطرح شد همین بحث بدهی بود. بدهی باقیمانده پرسپولیس از سالیان قبل به آقای گل تیم. با این حال باشگاه که در آن زمان با سرپرستی مهدی رسول‌پناه اداره می‌شد از پرداخت بدهی سر باز زد. طبق اطلاعات به دست آمده علیپور قصد نداشت شکایتی را مطرح کند اما بعد از اینکه متوجه شد باشگاه در دوران مدیریت جدید هم تنها قصد سر دواندنش را دارد اقدام به شکایت کرد.
طبق اطلاعات به دست آمده در پروسه رسیدگی به پرونده باشگاه پرسپولیس طبق روال اکثر باشگاه‌های ایرانی با وجود متقن بودن بدهی سعی کرد با طرح موضوعات و ارایه دفاعیاتی که همگی بر خلاف رفتار حرفه‌ای و درست بود از زیر پرداخت این بدهی فرار کند. این در حالی بود که علیپور تنها مطالباتش را می‌خواست.
جالب اینجاست که طبق اطلاعاتی که خبرنگار اعتماد به دست آورده خود باشگاه در نخستین لایحه‌اش پذیرفته بود که پانصد و پنجاه میلیون را بپردازد، اما مابقی آن را قبول نداشت. رقمی مربوط به آپشن‌های قرارداد؛ یکسری آپشن‌ها مثل حضور در مسابقات و گل زده یا قهرمانی باشگاه یا حضور در لیگ قهرمانان آسیا را نمی‌پذیرفت!
یک منبع آگاه داخل باشگاه روایت عجیبی از جلسه علیپور با رسول‌پناه در شهریور ۹۹ را برای «اعتماد» بازگو کرده است: «در جلسه علیپور به سرپرست باشگاه گفت این آپشن رضایت سرمربی و مدیرعامل من را هم لطفا امضا کنید. آقای گل‌محمدی امضا کرده و رضایت داشته. رسول‌پناه گفت چرا باید امضا کنم که ۲۰۰ میلیون بیشتر بدهم؟ علیپور پرسید این آپشن رضایت است. آیا شما از عملکرد من راضی نبودی؟ رسول‌پناه پاسخ داد: چرا! ولی چرا باید کاغذی را امضا کنم که ۲۰۰ میلیون بیشتر بدهم؟» گویا در آن جلسه صحبت به این سمت رفت که اگر تمدید صورت بگیرد در کنارش این آپشن هم امضا شود که البته مدیر باشگاه این را هم نپذیرفت.
منبع آگاه در این باره گفت: کل مجموع این پرونده رقم ۹۸۰ میلیون بود که باشگاه پرسپولس موفق شد ۸۰ میلیون آن را کم کند ولی نسبت به مابقی محکوم شده است.
طبق این اطلاعات در زمان صدور رای اولیه علی علیپور به باشگاه پیشنهاد داده بود که آنها به جای ۹۳۰ میلیون، ۸۰۰ میلیون بپردازند ولی با این شرط که در سال ۱۴۰۱ تسویه صورت بگیرد. باشگاه هم پاسخ داده بود که پیشنهاد خوبی است و روی آن فکر می‌کند.با این حال چند روز بعد از این پیشنهاد از سوی علیپور، حسین دوام معاون حقوقی باشگاه پرسپولیس طی اظهارنظری اعلام کرد: طی «جلسات با وکیل علیپور به نتیجه نرسیدیم و قرار است پرونده را ببریم استیناف».
یکی از دغدغه‌های هواداران پرسپولیس بعد از انتشار خبر محکومیت سرخ‌ها این است که آیا این بدهی مشکلی برای ثبت قرارداد و گرفتن مجوز حرفه‌ای برای باشگاه به وجود خواهد آورد یا خیر؟ به صورت مشخص آیا ثبت قرارداد بازیکن برزیلی و جدید این تیم به مشکل خواهد خورد؟ یک چهره حقوقی فوتبال در این زمینه به «اعتماد» گفت: «نه مشکلی ندارد. شاکی بعد از صدور حکم باید اظهارنامه بفرستد و در ۴۵ روز بعد پنجره پرسپولیس بسته می‌شود. طبیعتا در صورت عدم پرداخت این حکم ترجمه خواهد شد و در سایت ای‌اف‌سی و در قسمت بدهی‌ها قرار خواهد گرفت تا جلوی صدور مجوز حرفه‌ای گرفته شود.»