بدترین لحظه برای شاه و همسرش زمانی بود که در 11 آذر 58 از بیمارستان نیویورک مرخص شدند ولی هنوز مقصدی برای سفر نداشتند. در نتیجه با یک هواپیمای نیروی هوایی آمریکا به مقصد تگزاس پرواز کردند تا 2 هفته باقی مانده از روادید خود را در آنجا در داخل آپارتمانی کوچک بگذرانند. اما در حین راه به همراهان آمریکایی خبر رسید که آن آپارتمان هنوز آماده نیست.
بدترین لحظه برای شاه و همسرش زمانی بود که در 11 آذر 58 از بیمارستان نیویورک مرخص شدند ولی هنوز مقصدی برای سفر نداشتند. در نتیجه با یک هواپیمای نیروی هوایی آمریکا به مقصد تگزاس پرواز کردند تا 2 هفته باقی مانده از روادید خود را در آنجا در داخل آپارتمانی کوچک بگذرانند اما در حین راه به همراهان آمریکایی خبر رسید که آن آپارتمان هنوز آماده نیست. شاه و همسرش را به مکانی که بعداً معلوم شد، مرکزی برای نگهداری بیماران روانی است، بردند. فرح برای نخستین بار با فریاد به همراهان آمریکایی خود اعتراض کرد و گفت "آیا ما در اینجا زندانی هستیم؟ آیا کارتر ما را زندانی کرده است؟ ما در این جا دیوانه خواهیم شد؟ باید بیرون برویم و ..."
مقامات آمریکایی با پایان مهلت اقامت شاه در آمریکا به وی اطلاع دادند که به دلیل عواقب ناشی از تصرف سفارت آمریکا در تهران، امکان تمدید روادید وی وجود ندارد و به همین دلیل در پاناما جایی مناسب برای اقامت وی و همسرش در نظر گرفته شده است. شاه که غیر از پذیرفتن، چاره دیگری نداشت به اتفاق همسرش در 24 آذر 1358 با هواپیمای نیروی هوایی آمریکا از فرودگاه تگزاس به پاناما در آمریکای مرکزی برده شدند.
وقتی شاه و فرح در پاناماسیتی از هواپیما خارج می‌شدند تنها جمعی از سربازان گارد ملی پاناما، افسران امنیتی، دستیاران "عمر توریخوس" دیکتاتور پاناما و سفیر آمریکا کسی در فرودگاه نبود. شاه، همسرش و پزشک مخصوص آنها با هلیکوپتر از فرودگاه به یک پایگاه در جزیره‌ای به نام "کونتا دورا" متعلق به پاناما انتقال داده شدند.
شاه در پاناما با دو دردسر روبه‌رو بود. اول شدت گرفتن بیماری شاه که وی مایل نبود پزشکان پانامایی بدون اطلاع از ماهیت و عمق بیماری‌اش معالجات را از صفر شروع کنند و دیگری اطلاعاتی که براساس آن مقامات وزارت خارجه دولت ایران در تماس مداوم با مقامات پانامایی بودند تا بتوانند راهی برای استرداد شاه پیدا کنند. در واقع در پاناما بحث استرداد شاه قوت گرفته بود و کارتر قصد داشت با تحویل شاه بر سر گروگان‌های آمریکایی جانه‌زنی کند.
براساس کتاب "دخترم فرح" نوشته فریده دیبا مادر فرح پهلوی، عمر توریخوس انسان بسیار بی‌ادبی بوده و به هیچ‌وجه آداب گفت‌و‌گوی دیپلماتیک را رعایت نمی‌کرد. توریخوس شاه را «چوپن» می‌نامید یعنی تفاله! با همه این مشکلات، شاه و همسرش 100 روز در پاناما ماندند و سپس به اصرار همسر رئیس‌جمهور مصر، روز سوم فروردین 1359 با یک هواپیمای پانامایی رهسپار قاهره شدند.
در 2 تیر 1358 و زمان اقامت شاه در مکزیک، انورسادات از پارلمان مصر تقاضا کرده بود قطعنامه‌ای تصویب کند و به شاه اجازه دهد تا به عنوان پناهنده سیاسی برای همیشه در مصر بماند. این پیشنهاد سادات با 384 رای موافق در برابر 8 رای مخالف تصویب شد.
شاه روز 8 فروردین 59 در بیمارستان معادی قاهره تحت عمل جراحی طحال و کبد قرارگرفت. آزمایش‌های انجام شده بر روی بافت‌ها نشان می‌‌داد سرطان بدخیم تمامی سیستم خون و کبد وی را فرا گرفته است. همه پزشکان سرشناس مصری به رهبری یک متخصص قلب که پزشک شخصی سادات بود، در بیمارستان معادی حضور داشتند. حال عمومی شاه در اقامت دومش در مصر هفته به هفته و ماه به ماه وخیم‌تر شد تا اینکه 4 ماه پس از سفر دوم خود به مصر در 5 مرداد 1359 درگذشت.
شاه را در مسجد رفاعی قاهره به خاک سپردند. همان مسجدی که جنازه رضا شاه بعد از فوت در آفریقای جنوبی مدتی در این مسجد به خاک سپرده شده بود. ملک فاروق پادشاه اسبق مصر و برادر زن محمدرضا پهلوی نیز در همین مسجد دفن است. تقدیر آخرین شاه دیکتاتور ایران این بود که مانند پدرش وی نیز در آوارگی و غربت دنیا را ترک کند.