قبل از اعزام تیم ملی ایران به جام جهانی ۲۰۰۶ آلمان اختلاف شدیدی بین سازمان تربیت بدنی وقت و فدراسیون محمد دادکان وجود داشت. به طوری که شایعه برکناری برانکو هم همان روزها بر سر زبان‌ها افتاد. دادکان حتی اجازه نداد مراسم سازمان تربیت بدنی در ورزشگاه آزادی برگزار شود و خلاصه تیم ملی با کلی حاشیه به آلمان رفت.
برانکو اما بعد از رسیدن تیم به آلمان مصاحبه ای جنجالی انجام داد و گفت: ما در شرایط نرمالی به اینجا نیامدیم و تا زمانی که هواپیمای حامل مربیان و بازیکنان تیم ملی روی باند فرودگاه فرانکفورت ننشست من مطمئن نبودم که می‌توانم در جام جهانی روی نیمکت تیم ایران بنشینم!
این مصاحبه برانکو سروصدای زیادی به پا کرد ولی در طول جام او مورد حمایت دادکان بود هرچند که نتوانست نتایج مطلوبی کسب کند و در نهایت تیم ایران با یک امتیاز به کشور برگشت و برانکو هم از همان آلمان به کرواسی برگشت.