پس از منتفی شدن حضور جواد نکونام در کادرفنی تیم ملی فوتبال کشورمان به عنوان دستیار کارلوس کی‌روش، اکنون مدیران فدراسیون فوتبال گزینه جدیدی را به عنوان مربی ایرانی تیم ملی در جام جهانی ۲۰۲۲ در نظر گرفته‌اند.
برهمین اساس طبق اعلام احسان اصولی، به احتمال فراوان مارکار آقاجانیان، دستیار ایرانی کی‌روش که در دوره اول حضور این مربی نیز در کادر فنی تیم ملی حضور داشت باز هم به جمع دستیاران مربی پرتغالی اضافه خواهد شد.
آقاجانیان در جام جهانی ۲۰۱۴ و ۲۰۱۸ و جام ملت های آسیا ۲۰۰۷، ۲۰۱۵ و ۲۰۱۹ در کادرفنی ایران فعالیت کرده است.