متن پیام حجت الاسلام و المسلمین سید حسن خمینی بدین شرح است:

بسمه تعالی

درگذشت آیت الله آقای حاج شیخ محسن مجتهد شبستری رحمت الله علیه موجب تأثر دوستداران و آشنایان ایشان شد. بی تردید زحمات و خدمات ایشان در مناصب مختلف از زمره باقیات صالحات آن مرحوم خواهد بود. 

اینجانب ضمن عرض تسلیت این فقدان به خانواده محترم و اخوان و فرزندان و بستگان ایشان، از خدای متعال برای این فقید سعید رحمت واسعه را مسئلت دارم. 

سید حسن خمینی

تسلیت سید حسن خمینی در پی درگذشت آیت الله مجتهد شبستری