حضرت آیتالله حسن‌زاده آملی پس از طی یک دوره بیماری شامگاه شنبه ۳ مهر ۱۴۰۰ در آمل به لقاءالله پیوست و پیکر آن دانشمند ذوفنون صبح دوشنبه مصادف با اربعین حسینی در آمل، تشییع و به خاک سپرده شد.
حضرت آیتالله خامنه‌ای شامگاه روز یکشنبه با حضور در کنار پیکر مرحوم آیتالله حسن‌زاده آملی، ضمن اقامه نماز میت و قرائت کلام‌الله مجید با آن عالم ربّانی و سالک توحیدی وداع کردند. در این مراسم جمعی از نزدیکان مرحوم آیتالله حسن‌زاده آملی نیز حضور داشتند.
رهبر انقلاب صبح امروز نیز طی پیامی با تسلیت ارتحال آیتالله حسن‌زاده آملی، این روحانی دانشمند را از جمله‌ی چهره‌های نادر و فاخری دانستند که نمونه‌های معدودی از آنان در هر دوره، چشم و دل آشنایان را می‌نوازد و توأماً دانش و معرفت و عقل و دل آنان را بهره‌مند می‌سازد.